Gli anziani legnanesi ricordano ancora quando infondo all'attuale corso Magenta vi era un gruppo di case contadine abbattute alla fine degli anni trenta situate a fianco dell'area su cui sorse l'edificio scolastico Bonvesin de la Riva. Da eese si dipartiva una strada che attraverso via Ponte di sotto, raggiungeva il castello e quindi i mulini lungo l'Olona. Precisamente all'angolo formato dalla strada la sponda di un'ansa del fiume, sorgeva nel XVI secolo una cappelletta sulla cui facciata, durante la peste del 1575, era stata dipinta in affresco la Madonna col Bambino, San Rocco e San Sebastiano come a protezione del paesedal terribile morbo.
La tradizione popolare narra che verso il 1600 due bambini sordomuti, figlio di un ricco propietario di mulini si erano riparati durante un temporale sotto il piccolo tetto a protezione dell'ingresso dell'edicola sacra.
Con grande stupore dei bimbi l'effige della madonna si materializzò e prese a parlare dicendo loro: "Dite a vostro padre, che ha i mezzi per farlo, di costruire qui un portichetto, così voi potete ripararvi meglio".
Tornati a casa i due ragazzi sordomuti parlarono per riferire l'ambasciata, con grande stupore dei genitori e dei vicini, che gridarono al miracolo.
Fu così che anche sulla rinomanza del prodigio, furono raccolte in paese consistenti consistenti contribuzioni, e invece che un portichetto, fu costruita subito una chiesa, che risultò subito piccola per la grande affluenza di fedeli che accorrevano da tutta la Lombardia in pellegrinaggio per venerare l'effige della Madonna delle Grazie.
C'è da dire che in quel periodo Legnano era tesa ad erigeremonumenti e chiese per preparare il riscatto di Parabiago della Prepositura, il che avvenne nel 1584. Mentre il fervore delle opere proseguiva anche dopo l'avvenimento, nel 1610 col beneplacito del Cardinale Federico Borromeo, fu avviata la realizzazione del nuovo santuario e lo stesso cardina incaricò della progettazione l'architetto Antonio Parea di Novara.
Questi come prima soluzione disegnò un edificio a pianta ottagonale, ricavato tagliando gli angoli di un quadrato. Come copertura progettò una grande volta a spicchi piani e disuguali sugli spigoli dell'ottagono, spicchi che avrebbero dovuto riunirsi in una grande lanterna, pure ottagonale, al centro di una vasta cupola. Sei grandi colonne dovevano reggere un imponente baldachino al centro del tempio. I legnanesi però, temendo di non potere realizzare una così imponente struttura, dettero il via ai la vori per un edificio totalmente differente, impostandolo come semplice quadrato di 9x9 metri, la sagrestia a sinistra e nell'altro lato un grande ambiente sotterraneo che successivamente le fondazioni per il campanile.
Purtoppo però la cappella maggiore a volta circolare in mattoni crollò, e dopo varie vicissitudini riprese il progetto l'architetto Parea, che suggerì di continuare i lavori creando una costruzione a croce in cui la navata centrale fosse affiancata, dopo il transetto, da due navate laterali, uno strano pasticcio, insomma in quanto il Parea tentava di riportare a navata centrale una chiesa che i legnanesi avevano già tracciato con fondazioni per quattro cappelle laterali in modo da formare una pianta a croce greca.
Si arrivò così al 1649, quando intervenne l'ingenier Francesco Maria Richini, già autore della chiesa Madonnina sul Sempione, che trasformò il progetto nell'attuale struttura della chiesa : una navata centrale con tre cappelle per parte. I lavori furono portati a termine nel 1650 dall'arch. Barca di Ghemme, che abbinò l'effetto di chiesa a navata unica con cappelle laterali; la pianta e la struttura sono del tutto simili alla chiesa del Gesù di Vignola (1568), alla quale l'arch. Barca evdentenmente si ispirò.
Nella facciata venne sistemato un imponente portico sorretto da due colonne, del quale però non è rimasta traccia, in quanto nel 1863 fu abbattuto per dare un completo rifacimento alla facciata rovinata dall'umidità e dal tempo.
Nel 1936 la facciata in cotto, ormai deteriorata, venne ripristinata in marmo travertino di Siena. Fu in questa occasione che si pensò di ricreare un piccolo portico sorretto da due colonne, che richiamasse il portichetto della primitiva chiesinasulla quale era ritratta la Madonna che aveva parlato ai due ragazzi sordomuti.
Questa chiesa è rinomata anche per le opere d'arte dei pittori e affrescatori che si trovano all'interno. Nell'imponente altare a strutture lignee in parte dipinte e in parte dorate (una composizione probabilmente studiata dai pittori Lampugnani nella prima metà del XVII secolo) spicca al centro l'antico affresco della Vergine dall'antica cappelletta di autore ignoto dal gusto quattrocentesco, anche se eseguito in epoca successiva. Quando nel 1617 fu traslocata questa miracolosa immagine, racconta nelle sue memorie il prevosto Pozzo, due operai incaricati di compiere tale lavoro ebbero una miracolosa visione degli angeli.
L'altare è completato da due tele a olio di Francesco Lampugnani, raffiguranti in basso l'Annunciazione e nella parte superiore la Visitazione di Maria Vergine. Nel presbiterio sono collocati due pregevoli dipinti del pittore Legnani, detto il legnanino, provenienri dalla chiesa della Madonnina. Pregevoli anche gli affresche del Prof.Bacchetta di Crema di cui è notevole l'Assunzione. Lo stesso artista esegu' anche la decorazione della cupola con l'Ascensione di Maria Vergine.
Il figlio del pittore, nel 1910, restaurò alcuni lavori del padre, affrescando nell'occasione anche le due cappelle rispettivamente vicine alla sagrestia e al campanile, dedicate a San Gaetano e a San Giovanni Bosco. Nella cappella centrale di destra ci sono i dipinti più antichi risalenti al '700. Sopra l'altare è posta una grande tela, pure settecentesca di autore ignoto, rappresentante Sant'Antonio Abate, al quale è dedicata la cappella stessa. Sulle pareti laterali altre due tele raffigurano scene della vita del santo. Sul la to opposto l'altra cappella dedicata a San Mauro, in onore del quale il 15 gennaio si celebra la festa e all'esterno del santuario si disponevano i tradizionali venditori di firùni di castagne.
Le prime due cappelle dall'ingresso hanno invece pregevoli affreschi dei fratelli Mosè ed Elia Turri, la decorazione a frutti e fiori è di un altro Turri, il pittore Daniele. In quella di destra vi è un quadro raffigurante San Francesco Saverio, opera di Biagio Bellotti (1790). La cappella di sinistra invece è dedicata a Sant'Anna, ritratta in tre tele tutte opera di Mosè Turri. Particolarmente pregevoleè il soffitto di questa cappella lavorato a stucchi ed encausti sempre dai Turri. Da ricordare anche la via crucias dipinta da Beniamino Turri e i paliotti dell'altare dipinti da Darvino Furrer.
All'esterno della chiesa, meta di processioni e solenni celebrazioni, esistono le 15 cappelle del Rosario, rifatte dal pittore Gersam Turri, nel 1927 i mosaici eseguiti su cartoni originali, cappelle che richiederebbero ancora una massiccia manutenzione straordinaria.
La chiesa della Madonna delle Grazie è stata invece recentemente interessata ad un totale restauro (i lavori sono stati ultimati lo scorso anno) che hanno dato splendore e ricchezza a questo santuario, al quale sono legate parte della storie e delle tradizioni cittadine e che ha vistao un passato di migliaia di pelllegrini provenienti da ogni parte della Lombardia.