Nel mese di ottobre si costituirono a Legnano e nei paesi vicini le prime squadre armate composte da operai, da studenti e da soldati, sbandati dopo l'8 settembre. Iniziò nelle fabbriche del Legnanese la resistenza passiva e il non collaborazionismo coi tedeschi, appunto per evitare che la produzione bellica venisse usata per proseguire una guerra non voluta.

Si formarono le brigate partigiane "Carroccio", d'ispirazione cattolica, e "Garibaldi" di estrazione socialcomunista, le brigate autonome, tra le quali la in Sicilia. Il regime fascista, già profondamente scosso dal malcontento popolare e dagli scioperi del marzo 1943, stava per crollare sotto il peso delle sconfitte militari e i gerarchi fascisti del Gran Consiglio, il 25 luglio 1943, diedero una mano alla monarchia per far arrestare Mussolini.

"Mazzini" di stampo repubblicano ed infine il "Fronte della Gioventù", ad opera di alcuni studenti universitari. Le "Carroccio" e "Garibaldi" agirono in appoggio alle formazioni partigiane dell'Alta Italia secondo le direttive del CLN, che nel Settentrione era affidato a Ferruccio Parri. Si organizzarono in clandestinità le prime SAP (squadre di azione proletaria) alla Franco Tosi, alla Metalmeccanica, alla Società Industrie Elettriche, alla Mario Pensotti, alla Manifattura di Legnano e alla Cantoni. Le SAP rappresentarono il braccio armato dei lavoratori nella lotta partigiana e fecero da organizzatrici, con le commissioni interne, degli scioperi generali.

Da Legnano partirono spedizioni di rifornimento alla divisione "Alfredo di Dio", localizzata sulle montagne dell'Ossola e alla "Puecher", che aveva tra i comandanti il legnanese Pietro Sasinini operante nella zona del Mottarone, Lago d'Orta e Ornavasso.

Nelle fabbriche ormai direttamente controllate dai nazisti, specie dove si produceva materiale bellico, si intensificò la resistenza passiva e la non collaborazione. Le commissioni interne, non potendo apertamente dichiarare che le agitazioni erano dovute alla volontà degli operai di non lavorare per la Germania, pena l'arresto o la deportazione, puntavano nelle rivendicazioni sulla riduzione delle ore lavorative e sulle condizioni disumane in cui i lavoratori erano costretti ad operare e sull'aumento della razione di pane e dei salari. Ai primi scioperi massicci alla Franco Tosi i tedeschi si sostituirono alla milizia fascista nel controllo della produzione.

In questo clima maturò uno dei più tragici episodi della resistenza legnanese. Il 5 gennaio 1944 le SS, al comando dello spietato generale Zimmerman, compirono un'azione dimostrativa di rappresaglia proprio nello stabilimento della Tosi. Furono dapprima arrestati sei operai tra i più facinorosi, facenti parte della commissione di fabbrica e noti antifascisti. Alla ribellione in massa di tutti gli altri operai, furono prelevati 63 tra coloro che manifestavano nel cortile.

Dopo lunghi interrogatori i tedeschi rilasciarono gli arrestati, tranne sette, che furono deportati nei lager nazisti.

Analoghe azioni furono compiute negli stabilimenti della Metalmeccanica, della Manifattura di Legnano e della Società Industrie Elettriche. Nei giorni precedenti era già stato arrestato e subito avviato a Mauthausen, sempre alla Tosi, l'antifascista legnanese Candido Poli.

Di questi lavoratori persero la vita nei campi di sterminio Pericle Cima, Alberto Giuliani, Carlo Grassi, Antonio Vitali, Francesco Orsini, Angelo Sant'Ambrogio, Ernesto Venegoni, Carlo Ciapparelli, Eugenio Verga, Giuseppe Ciampini e Giannino De Tommasi.

Nell'inverno del 1944 si verificò, tra gli altri episodi della lotta clandestina, l'attentato al ristorante-albergo Mantegazza. Nel locale, mentre la sera del 4 novembre erano riuniti fascisti e tedeschi per un banchetto, un nucleo di "garibaldini" fece esplodere su una delle finestre una bomba ad orologeria molto potente, che causò cinque morti e venticinque feriti tra i militari.

L'attentato scatenò la reazione della polizia fascista che operò diversi fermi e pestaggi. Il 4 novembre furono massacrati due noti antifascisti legnanesi, Giovanni Rovellini e Serafino Roveda. Un mese prima cadde nelle mani dei fascisti uno dei fondatori delle brigate "Garibaldi" di Legnano, Mauro Venegoni, già dirigente sindacale comunista, condannato nel 1927 a cinque anni di reclusione dal tribunale speciale. A Venegoni la milizia impose di rivelare i nomi dei partigiani del suo gruppo e, ad un rifiuto, fu torturato barbaramente, accecato e quindi ucciso a Cassano Magnago alcuni giorni dopo. Per questo tragico episodio, dopo la Liberazione, gli fu assegnata la medaglia d'oro al valore militare, alla memoria.

Recenti studi storici hanno confermato quali funzioni precise avesse, nella strategia del Terzo Reich, quella grande linea di difesa, chiamata gotica, che si estendeva, attraverso gli Appennini, da Massa a Pesaro, per 320 chilometri, sfruttando sia le natura li asperità del terreno, sia le fortificazioni create dai tedeschi. A quella "linea" restarono legate le sorti di tutta l'Italia Settentrionale fino all'inizio del 1945.

Gli alleati attaccarono la linea gotica alla fine dell'agosto del 1944 con oltre 900 mila soldati e migliaia di aerei, cannoni e carri armati, per dilagare verso la pianura padana, raggiungere Vienna e arrivare a Berlino prima dei Sovietici. Ma la "linea" si dimostrò più forte di quanto si ritenesse. Allora i comandi alleati decisero di tentare l'attacco risolutivo da Ovest, con lo sbarco in Normandia, sottraendo grandi forze alla Quinta Armata americana e all'Ottava britannica, impegnate sulla gotica, sicché i Tedeschi qui poterono arginare l'avanzata. Questi, appunto per la loro strategia, come ha ribadito G. Schreiber al convegno degli studi storici sulla linea gotica, tenutosi a Pesaro nel settembre del 1984, avevano l'ordine di tenere più a lungo possibile il fronte appenninico per tre motivi: 1) per impegnare il nemico e alleggerire il fronte francese impedendo l'apertura di un nuovo fronte nei Balcani; 2) per evitare che un cedimento potesse far sentire il popolo tedesco completamente circondato; 3) per tenere la pianura padana con le sue risorse agricole e con le grandi fabbriche del triangolo industriale lombardo e sfruttarla nella produzione, soprattutto bellica. Questo era l'ordine passato da Rudolf Ralm, plenipotenziario tedesco presso la Repubblica Sociale Italiana, che affidò alla Milizia e alle SS l'incarico di vigilare nelle fabbriche, perché la produzione fosse intensificata.

In risposta al proclama del 13 novembre 1944 del generale Alexander, comandante le truppe alleate in Italia, che invitò i partigiani operanti oltre la linea gotica a smobilitare, provocando così delusione e accuse di tradimento da parte delle stesse forze della Resistenza, a Legnano i gruppi partigiani decisero invece di intensificare la lotta armata, proprio per dimostrare di non aver raccolto l'invito di Alexander.

Il 24 novembre furono attaccati in forze la caserma legnanese della Guardia Nazionale Repubblichina e contemporaneamente il carcere di S. Martino, per liberare alcuni detenuti politici: dopo tre ore di conflitto arrivarono rinforzi fascisti e i partigiani dovettero ritirarsi.